ОЦЕНКА ПОЛИМОРФИЗМА И ПОДБОР SSR- И IPBS-МАРКЕРОВ ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ БЕРЁЗЫ ПОВИСЛОЙ
Аннотация
Представлены результаты оценки уровня полиморфизма SSR- и iPBS-маркеров. У шести SSR-локусов обнаружили от четырёх до четырнадцати аллелей, а наблюдаемая гетерозиготность варьировала от 0,46 до 0,88. Показатели генетического разнообразия двенадцати iPBS-праймеров варьировали в следующих границах: количество полиморфных ПЦР-фрагментов 3–14, доля полиморфных праймеров 42,9–100,0 %, ожидаемая гетерозиготность 0,14–0,34. Отобрано четыре наиболее информативных микросателлитных локуса (L1.1, L2.3, L5.4 и L7.8) и четыре iPBS-праймера (iPBS2076, iPBS2078, iPBS2232 и iPBS2271) с высоким уровнем полиморфизма. Данные праймеры могут быть рекомендованы для молекулярно-генетических исследований берёзы повислой (Betula pendula).
Ключевые слова
Полный текст:
PDFЛитература
Semagn K., Bjørnstad Å., Ndjiondjop M.N. An overview of molecular marker methods for plants // African Journal of Biotechnology. 2006. Vol. 5. No 25. Р. 2540-2568.
Agarwal M., Shrivastava N., Padh H. Ad-vances in molecular marker techniques and their ap-plications in plant sciences // Plant Cell Reports. 2008. No 27. Р. 617-631. doi:10.1007/s00299-008-0507-z
Хлесткина Е.К. Молекулярные маркеры в генетических исследованиях и в селекции // Вави-ловский журнал генетики и селекции. 2013. Т. 17. № 4/2. С. 1044-1054.
Use of DNA arkers in forest tree improment research / D.B. Neal, M.E. Devey, K.D. Jermstad et al. // New Forest. 1992. No 6. Р. 391-407.
Применение молекулярно-генетических методов в лесном хозяйстве Беларуси / В.Е. Падутов, О.Ю. Баранов, Д.И. Каган и др. // Сибирский лесной журнал. 2014. № 4. С. 16-20.
Porth I., El-Kassaby Y.A. Assessment of the genetic diversity in forest tree populations using mo-lecular markers // Diversity. 2014. No 6. P. 283-295. doi:10.3390/d6020283
Tautz D., Renz M. Simple sequences are ubiq-uitous repetitive components of eukaryotic genomes // Nucleic Acids Research. 1984. Vol. 12. No 10. Р.4127-4138.
Молекулярные маркеры для видоиденти-фикации и филогенетики растений / Т.В. Матве¬ева, О.А. Павлова, Д.И. Богомаз и др. // Экологическая генетика. 2011. Т. IX. № 11. C. 32-43.
A set of cross-species amplifying microsatellite markers developed from DNA sequence databanks in Picea (Pinaceae) / G. Besnard, V. Acheré, Faivre P. Rampant et al. // Molecular Ecol-ogy Notes. 2003. № 3. Рp. 380-383. doi:10.1046/j.1471-8286.2003.00456.x
Microsatellite DNA as shared genetic markers among conifer species / C.S. Echt, G.G. Vend¬ramin, C.D. Nelson et al. // Canadian Journal of Forest Re-search. 1999. No 29. Рp. 365-371.
Jarne P., Lagoda P.J.L. Microsatellites, from molecules to populations and back // Trends in Ecolo-gy & Evolution. 1996. No 11. Рp. 424-429.
Wu B., Lian C., Hogetsu T. Development of microsatellite markers in white birch (Betula platyphylla var. japonica ) // Molecular Ecology Notes. 2002. No 2. Р. 413-415. doi:10.1046/j.1471-8278 .2002.00260.x
Development of SSR markers and genetic di-versity in white birch (Betula platyphylla) / W. Hao, S. Wang, H. Liu et al. // PLoS ONE. 2015. 10(4): e0125235. doi:10.1371/journal.pone.0125235
Kulju K. K. M., Pekkinen M., Varvio S. Twen-ty-three microsatellite primer pairs for Betula pendula (Betulaceae) // Molecular Ecology Notes. 2004. No 4. Р. 471-473. doi:10.1111/j.1471-8286.2004.00704.x
Isolation and characterization of microsatel-lite markers in the tetraploid birch, Betula pubescens ssp. tortuosa / C. Truong, A.E. Palmé, F. Felber et al. // Molecular Ecology Notes. 2004. No 5. P. 96-98.
Isolation and characterization of 19 mi-crosatellite markers in a tropical and warm subtropical birch, Betula alnoides Buch.–Ham. ex D. Don / J.J. Guo, J. Zeng, S.L. Zhou, et al. // Molecular Ecolo-gy Resources. 2008. Vol. 8. No 4. P. 895-897.
Identification of SSR loci in Betula luminif-era using birch EST data / Y. Lu, H. Li, Q. Jia et al. // Journal of Forestry Research. 2011. Vol. 22. No 2. Рp. 201-204. doi:10.1007/s11676-011-0150-3
Gürcan K., Mehlenbacher Sh. A. Transfera-bility of microsatellite markers in the Betulaceae // Journal of the American Society for Horticultural Sci-ence. 2010. Vol. 135. No 2. P. 159-173. doi:10.21273/JASHS.135.2.159
DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers / J.G. Williams, A.R. Kubelik, K.J. Livak et al. // Nucleic Acids Re-search. 1990. Vol. 18. No 22. Pp. 6531-6535. doi:10.1093/nar/18.22.6531
Perez T., Albornoz J., Dominguez A. An eval-uation of RAPD fragment reproducibility and nature // Molecular Ecology. 1998. No 7. Р.1347-1357.
Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. Ge-nome fingerprinting by simple sequence repeats (SSR)-anchored PCR amplification // Genomics. 1994. No 20. P. 176-183.
Amplification of DNA markers from evolu-tionarily diverse genomes using single primers of sim-plesequence repeats / M. Gupta, Y. S. Chyi, J. Romero-Severson et al. // Theoretical and Applied Genetics. 1994. No 89. P. 998–1006.
Fang D.Q., Roose M.L. Identification of closely related citrus cultivars with inter-simple se-quence repeat markers // Theor. Appl. Genet. 1997. No 95. Р. 408-417.
RAPD analysis of genetic variation in natural populations of Betula alnoides from Guangxi, China / J. Zeng, Y. Zou, J. Bai et al. // Euphytica. 2003. No 134. Р. 33. https://doi.org/10.1023/A:1026113506563
Genetic diversity of postglacial relict shrub Betula nana revealed by RAPD analysis / G. Dąbrowska, A. Dzialuk, O. Burnicka et al. // Den-drobiology. 2006. No 55. P. 19-23.
Genetic diversity and structure of the endan-gered Betula pendula subsp. fontqueri populations in the south of Spain / C. Martín, T. Parra, M. Clemente-Muñoz et al. // Silva Fennica. 2008. Vol. 42. No 4. Р. 487-498.
Identification of Molecular Markers Differ-entiating Betula papyrifera and B. pumila Populations from Northern Ontario (Canada) / N. Moarefi, P. Michael, P. Beckett et al. // American Journal of Environmental Sciences. 2018. Vol. 14. № 5. Р. 246-256. doi:10.3844/ajessp.2018.246.256
Schulman A.H., Flavell A.J., Ellis T.H.N. The application of LTR retrotransposons as molecular markers in plants. In: Miller W.J., Capy P. (eds) Mo-bile Genetic Elements. Methods in Molecular Biology. Humana Press. 2004. No 260. Р.145-173. doi: https://doi.org/10.1385/1-59259-755-6:145
Analysis of plant diversity with retrotrans-poson-based molecular markers / R. Kalendar, A.J. Flavell, T.H.N. Ellis et al. // Heredity. 2011. No 106. Рp. 520-530.
Оценка разнообразия растений и изменчи-вости транскрипционной активности с использо-ванием молекулярных маркеров на основе ретро-транспозонов / Р.Н. Календарь, К.С. Айжаркын, О.Н. Хапилина и др. // Вавиловский журнал гене-тики и селекции. 2017. Т. 21. № 1. С. 128-134. doi:10.18699/VJ17.231
iPBS: a universal method for DNA finger-printing and retrotransposon isolation / R .Kalendar, K. Antonius, P. Smýkal et al .// Theoretical and Ap-plied Genetics. 2010. No 121. Р.1419-1430. doi:10.1007/s00122-010-1398-2
Retrotransposons in Betula nana, and inter-specific relationships in the Betuloideae, based on inter-retrotransposon amplified polymorphism (IRAP) markers / N.S. Roy, S. Lee, K. Nkongolo et al. // Genes and Genomics. 2018. Vol. 40. No 5. Рp.511-519. doi:10.1007/s13258-018-0655-7
Doyle J. J., Doyle J. L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue // Phytochemical Bulletin. 1987. No 19. P. 11– 15.
Ссылки
- На текущий момент ссылки отсутствуют.